El claustro, románico, de 1149, se sitúa al costado sur de la iglesia; conservando en su extremo sureste la capilla de San Bartolomé, único vestigio del templo mozárabe, hoy en funciones de Panteón Real (se encuentran los restos de los reyes Alfonso I “El Batallador” y Ramiro II “El Monje”, autor de la cruenta leyenda medieval de La Campana de Huesca).
La estructura del claustro es sencilla. Planta rectangular, adosado al muro sur del templo y galerías cubiertas con techumbre de madera a un agua. El acceso al patio central se lleva a cabo por un vano situado hacia la mitad de la crujía norte.


Desde el templo accedemos al claustro adosado a su costado sur a través de una portada rehecha de tres arquivoltas que luce en su tímpano una de las más bellas obras escultóricas, obra clave del Maestro de Doña Sancha, autor del sarcófago conservado en el Monasterio de las Benedictinas de Jaca. Dos ángeles arrodillados, que parecen surgir de nubes formadas por ondas superpuestas ajustándose al espacio existente en las enjutas, sostienen un crismón trinitario. Es el mismo motivo que aparece en el sarcófago de Ramiro II, del tipo oscense, de seis brazos, con sus símbolos en posición ortodoxa y tilde bajo el vano del símbolo "P". Se centra por una estrella de siete puntas del mismo estilo que la que veremos en el registro inferior representando la que guió a los magos de oriente.
Aún hay en el claustro otros tres crismones: uno de hechura mucho más moderna y el otro sobre una portada rehecha que da acceso a dependencias del templo.

CAPITELES
En la restauración llevada a cabo hacia finales del siglo XIX bajo la dirección del arquitecto Ricardo Magdalena, el escultor Mariano García Ocaña se encargó de esculpir capiteles para llenar los huecos dejados por los que se retiraron y llevaron al Museo Provincial por su deterioro. Representan la vida de Jesucristo, además de otros motivos históricos o alegóricos.
La mayor parte son dobles y apean en dobles fustes cilíndricos, que en algunos de ellos son hexagonales. En la mitad de las alas este y oeste, hay capiteles cuádruples sobre cuatro fustes. Y en las situadas al norte y al sur, los que las centran poseen cuatro dobles capiteles agrupados en una sola escena.
Declarado Monumento Nacional en 1885, es un puro exponente del románico aragonés.
En una zona del claustro, Santiago Ramón y Cajal tuvo su estudio fotográfico. En los muros del claustro hay algunos arcosolios de época románico-gótica; así como inscripciones funerarias. Hay sarcófagos de monjes y personas pudientes que se enterraban allí aportando su dinero al templo y laudas funerarias del siglo XIII.
Los motivos y el estilo demuestran en los 21 capiteles originales el trabajo de un escultor que sigue la estela del Maestro de san Juan de la Peña trabajando bajo la encomienda del obispo Pedro Torroja (1153-1184) en una etapa de su obra que va desde 1165 hasta 1185 comenzando en San Felices de Uncastillo, San Gil de Luna, San Salvador de Ejea, San Antón de Tauste y concluyendola con los claustros de San Pedro el Viejo, primero y San Juan de la Peña después. Luego, ya bajo actuaciones promovidas por el obispado de Pamplona (1185 - 1200) veremos su obra en Luesia, Sangüesa, Agüero, El Frago, Almudevar y Biota.

Vamos a comentar algunos de ellos.
Las tres tentaciones de Cristo en el desierto según narra el evangelio de San Mateo. (Mt. 4; 1-11)

El diablo aparece como un ser monstruoso y lanudo, con garras de ave que va conduciendo a Cristo por los diversos escenarios que narra el Evangelio de Mateo: el desierto, donde Cristo aparece sobre un montículo de piedras, el pináculo del templo, mostrado como una elevada almena junto a una torrecilla con ventana geminada, o sobre un elevado monte desde el que domina todos los reinos del mundo.
"Entonces fue llevado Jesús por el Espíritu al desierto para ser tentado por el diablo. Y habiendo ayunado cuarenta días y cuarenta noches, al fin tuvo hambre. Y acercándose el tentador, le dijo; Si eres hijo de Dios, di que estas piedras se conviertan en pan. Pero él respondió diciendo: Escrito está: No solo de pan vive el hombre, sino de toda palabra que sale de la boca de Dios”
Llevóle entonces el diablo a la ciudad santa, y poniéndolo sobre el pináculo del templo, le dijo: si eres hijo de Dios, échate de aquí abajo, pues escrito está: A sus ángeles encargará que te tomen en sus manos para que no tropiece tu pie contra una piedra. Díjole Jesús: También está escrito: No tentarás al Señor tu Dios.
De nuevo le llevó el diablo a un monte muy alto, y mostrándole todos los reinos del mundo y la gloria de ellos, le dijo: Todo esto te daré si de hinojos me adoras. Díjole entonces Jesús: Apártate, Satanás, porque escrito está: Al Señor tu Dios adorarás y a Él solo darás culto. Entonces el diablo le dejó, y llegaron ángeles y le servían."

Este capitel muestra en las caras de su cesta la Aparición de Cristo resucitado a los peregrinos de Emaús; la Aparición a María Magdalena ("Noli me tángere") y la Primera Aparición a los Apóstoles. (Lucas. 24; 13-31 y Juan. 20; 11-18)
La cara exterior del capitel, a pesar de la meteorización de la arenisca muestra a Cristo con bastón de peregrino en el ángulo derecho de la escena, reconocible por el nimbo crucífero, dialogando con los peregrinos de Emaús. En la cara larga contigua se desarrolla el episodio del "Noli me tángere" donde Jesús se aparece a la Magdalena y esta a continuación acude a los discípulos a relatar la aparición. Dos escenas consecutivas en que María aparece postrada ante Cristo y luego hablando con San Pedro, reconocible por portar las llaves de la Iglesia. En la cara oscura del capitel hay dos apóstoles más.
A los mismos cuatro apóstoles a los que María relata en el capitel la aparición de Cristo, éste se les aparece situándose "en medio de ellos" para mostrar los estigmas de la Pasión. La escena ocupa la otra cara larga del capitel. Uno de ellos es San Pedro, reconocible por las llaves. Dos portan libro en las manos, probablemente aludiendo a su condición de evangelistas y el cuarto no muestra signos externos identificativos.

Este capitel muestra los episodios de Pentecostés y los preparativos para la Asunción de la Virgen al cielo según Hechos de los Apóstoles 2; 1-4.
La zona superior aparece saturada de ondulaciones que representan el cielo, de donde descienden "lenguas de fuego" sobre los apóstoles, que aparecen mostrando su lado izquierdo al espectador. La cesta del capitel aparece enmarcada por cuatro columnillas, una por ángulo, con sus capiteles y basas delimitando el espacio o habitáculo donde se encontraban los doce apóstoles esperando este momento. Hallamos en las caras largas cuatro y cinco respectivamente; y tres en la estrecha que da al patio. Todos se hallan postrados de rodillas con la cara y manos vueltas al Cielo.
Este capitel muestra en las caras de su cesta el combate entre hombres y monstruos, la lucha entre el bien y el mal.
En la cara que da al centro del claustro aparece una escena que el maestro escultor -junto con otras como las mochetas de leones andrófagos o las bailarinas contorsionistas- utilizará profusamente a lo largo de su obra: un hombre toma a la bestia por la mandíbula a la vez que hunde su espada de abajo hacia arriba en su garganta saliendo la punta por encima y detrás de la oreja. Por detrás, una gran serpiente muerde cuello y hombro de este personaje. A continuación, separado por una palmeta que centra la cara, otro hombre lucha con un grifo. En la cara larga del lado oeste, hay otra escena de lucha, doble y simétrica, en la que sendos personajes se muestran en el trance de desquijarar a bestias con aspecto de dragones, remedando el modo de hacer de Sansón. La vegetación se esquematiza a través de palmetas y brotes vegetales en segundo plano.

Este es un gran capitel de ocho fustes adosados al pilar medianero del lado sur del claustro, representando un episodio de la vida de San Silvestre.
Se interpretaba como escenas de la reconquista de Huesca describiendo un rey a caballo y un personaje mitrado. Sin embargo en 1996, la investigadora japonesa Hitomi Asano desvela el misterio del ciclo de estos capiteles, basándolos en la "Leyenda Dorada" de Santiago de la Vorágine: Constantino enferma de lepra por la persecución de los cristianos y sus sacerdotes le recomiendan bañarse en sangre de tres mil niños degollados. Sus madres salen a su encuentro dando alaridos de dolor y hacen reflexionar a Constantino, quien decide que prefiere morir él que curarse a costa de la crueldad que supone matar a los niños, devolviéndoselos a sus madres y facilitándoles el regreso. A la noche siguiente se le aparecieron los apóstoles Pedro y Pablo quienes le indican que busque al obispo Silvestre, quien lo sanará si derriba los templos de los ídolos y se convierte. Silvestre recibió al emperador como catecúmeno, le impuso como penitencia una semana de ayuno y le exigió que pusiera en libertad a los prisioneros. Al entrar Constantino en la piscina para ser bautizado, el baptisterio se llenó repentinamente de una misteriosa claridad, y al salir del agua comprobó que se hallaba totalmente curado de la lepra y aseguró que durante su bautismo había visto a Jesucristo.
La escena se comienza a leer en la cara oscura del capitel. Como inicio y telón de fondo aparece una ciudad fortificada que representa a Roma. A la izquierda de la aparece el emperador Constantino, ya atacado por la lepra. Está sentado en su trono y dos personajes, "sacerdotes de los ídolos", con recipientes en sus manos le aconsejan bañarse en la sangre de tres mil niños para su curación. En la cara lateral del capitel que da al lado oeste vemos a Constantino coronado y a caballo flanqueado por sus soldados con las espadas desenvainadas dirigiéndose hacia el lugar del sacrificio de los niños. Le salen al paso un grupo de tres mujeres que representan a las madres de los tres mil niños, desesperadas, tirándose de los cabellos. El Maestro logra reflejar en sus rostros la desesperación del momento.

Este capitel continúa la historia explicada en el anterior, cerrando el episodio de la conversión y bautismo de Constantino por el papa san Silvestre. La escena comienza en la cara oscura del mismo con la alegre comitiva de madres con sus hijos, librados del sacrificio, con San Silvestre al frente y vuelto hacia las mujeres señalando con su mano la siguiente escena, un carro tirado por caballos que hará referencia a la provisión de medios para que madres e hijos fuesen devueltos a sus lugares de procedencia. El propio San Silvestre, mitrado y con báculo, aparece tras el carro, acompañado de dos personajes. La cara corta del capitel, que mira al patio central muestra a los caballos de la anterior escena y de fondo los muros y portada de lo que debe de ser la basílica de San Juan de Letrán donde según la tradición fue bautizado el emperador Constantino por San Silvestre.
En otro capitel continuará la historia con la pila bautismal. Nuevamente se hace referencia al bien y el mal, una constante en los capiteles del claustro.

Este capitel muestra en las caras de su cesta seres demoníacos y fauna fantástica. En la cara frontal del capitel vemos un ser monstruoso de cuerpo lanudo bicéfalo, que atormenta a sendas mujeres desnudas existentes en los ángulos del capitel por medio de serpientes que muerden sus pechos. Hacia el lado derecho, la serpiente parece ser el propio rabo del monstruo.
En las caras laterales encontramos dos dragones enfrentados, cuyas grandes cabezas al reunirse en la línea media parecen conformar una de mayor tamaño y de aspecto parecido a los monstruos andrófagos de este maestro. De su boca surgen serpientes que van a morder pechos de las mujeres situadas en los ángulos del capitel, siendo la representación de la lujuria.
Hay un juego de imágenes en que tan pronto vemos un solo monstruo con dos cabezas, como se nos muestra otros dos en que ambas parecen refundirse en una sola. Los detalles y la vegetación son elementos habituales del maestro.
Este capitel muestra en las caras de su cesta escenas de la vida de Caín y Abel. (Gn. 4; 1-16)
Este capitel parecería fuera de contexto en esta parte del claustro de no ser porque el episodio bíblico que muestra encaja a la perfección en la lucha entre el bien y el mal. De hecho es un arquetipo en esta lucha.
La lectura del capitel se inicia en la cara lateral sur donde ambos hermanos presentan sus ofrendas a Dios, Caín un ramo de espigas de trigo y Abel, genuflexo, un cordero. Abel recibe la bendición de Dios, cuya mano nimbada -"Déxtera Domini"- surge del Cielo para bendecirle. Caín, rechazado, se lamenta, llevando su mano derecha a la mejilla.
En la cara oscura del capitel aparece Caín invitando a Abel a ir al campo, ambos hermanos están en pie a nuestra izquierda. Al lado derecho, la escena muestra el asesinato de Abel. Caín lo sujeta en tierra con una mano y con la derecha descarga un golpe en su cabeza con un objeto. En el lateral norte del capitel Dios pregunta a Caín por su germano y lo maldice. Caín se aleja, llevándose las manos a la cabeza.
Información obtenida de: A. García Omedes La guía digital del arte románico.